ФГУП «ФТ-Центр» было создано в 1992 году решением Государственного комитета по управлению государственным имуществом РФ №687-р от 03.11.92 г. в рамках реформы органов исполнительной власти Российской Федерации на базе Главного вычислительного центра Госснаба СССР, который, начиная с 1965 года, занимался комплексным информационно-техническим обслуживанием правительственных структур. Основным направлением деятельности нового предприятия стали информационные технологии. После реструктуризации Федеральный компьютерный центр фондовых и товарных информационных технологий («ФТ-Центр») сохранил основной состав специалистов и пополнился новыми кадрами для обслуживания современных технических средств обработки информации и систем связи.

В 2001 году ФГУП «ФТ-Центр» завершил строительно-монтажные работы и ввел в эксплуатацию усовершенствованный Интернет-центр в Москве, оснащенный самым современным оборудованием для оказания услуг связи. Таким образом, были автоматизированы процессы управления и осуществлена качественная модернизация информационного обмена между центральным аппаратом Госкомимущества и его многочисленными региональными подразделениями в 92 городах России, а также рядом других министерств, ведомств и сторонних организаций, имеющих отношение к проведению государственной политики по управлению государственным имуществом. Интернет-центр стал также платформой для оказания услуг электросвязи внешним организациям на коммерческой основе, что позволило окупить затраты на его создание.

В 2002 году Министерство имущественных отношений Российской Федерации поручило ФГУП «ФТ-Центр» в рамках федеральной целевой программы «Создание автоматизированной системы ведения государственного земельного кадастра и государственного учета объектов недвижимости на 2002-2007 гг.», утвержденной правительством РФ 25.10.2001 г., работу по информационному обеспечению разграничения прав собственности на землю. Для ее выполнения в Москве был создан Центр по разграничению прав собственности на землю. Основными направлениями его деятельности стали организационно-техническое и информационное обеспечение процесса разграничения государственной собственности на землю, выполнение корпоративных проектов по оформлению и регистрации прав на земельные участки, консалтинг и обучение в области земельных имущественных отношений. На его базе созданы подразделения, осуществляющие мероприятия в области регулирования земельных отношений, в том числе по вопросам управления и распоряжения земельными участками.

В январе 2006 г. ФГУП «ФТ-Центр» возглавил А.Н. Пахомов. С приходом нового руководства изменились и приоритеты в направлении деятельности компании. Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом делегировало «ФТ-Центру» функции по управлению федеральным имуществом, а объекты, закрепленные ранее на праве хозяйственного ведения за ликвидируемыми предприятиями, были переданы на его баланс.  В связи с состоявшимися структурными изменениями
Основными направлениями деятельности ФГУП «ФТ-Центр» стали:
- управление объектами федеральной собственности, закрепленными за предприятием;
- организация и проведение торгов;
- подготовка материалов и представление необходимой аналитической информации для выработки стратегии управления имуществом;
- эксплуатация объектов недвижимости;
- обеспечение работы комиссий по выявлению неэффективно использующихся объектов федеральной собственности;
- услуги в области  информационных технологий;
- осуществление мероприятий в области земельных отношений;
- консалтинг в области недвижимости.

Созданы и успешно функционируют 7 филиалов ФГУП «ФТ-Центр»: Филиал по Центральному федеральному округу, Филиал по Сибирскому федеральному округу, Филиал по Дальневосточному федеральному округу, Филиал по Южному федеральному округу, Филиал по Уральскому федеральному округу, Филиал по Приволжскому федеральному округу, Краснодарский филиал.

В июне 2007 в соответствии с распоряжением Росимущества № 3609-р от 06.10.2006 (в редакции распоряжения Росимущества от 29.12.2006 № 4717-р) ФГУП «ФТ-Центр» реорганизован путем присоединения к нему ряда других ФГУПов:
 ФГУЭП «ПОЛЕТ», ФГУП «ВПК-Технотэкс», ФГУП «Экономический Центр» Федерального агентства по управлению федеральным имуществом, ФГУП «ЭКСПЛОР» Министерства имущественных отношений Российской Федерации, ФГУЭП «ЭКСПР» Минимущества России, ФГУЭП «СЕРВЭКС» Минимущества России, ФГУЭП  «ВПК-Сервис», ФГУП «ВПК-Инвест», ФГУЭП «Соцпромсервис» Министерства имущественных отношений Российской Федерации, ФГУП «ВПК-Экспромтех», ФГУП «Сигма», ФГУП «Инвестиционно-консалтинговый центр» Министерства имущественных отношений Российской Федерации.

В августе 2008 г. распоряжением Федерального агентства по управлению государственным имуществом от 15 августа 2008 года №1251-р исполняющим обязанности генерального директора ФГУП «ФТ-Центр» назначен Гранкин Николай Ефимович.

В июне 2009 г. распоряжением Федерального агентства по управлению государственным имуществом № 548-р от 08.06.2009 исполняющим обязанности назначен Худяков Александр Викторович.

В настоящее время  в хозяйственном ведении ФГУП «ФТ-Центр» находится около 3 450 объектов недвижимости общей площадью 2 418 863,18 кв.м.